Chef de choeur fribourgeois, Pascal Mayer a fait ses études de chant et de direction chorale aux conservatoires de Fribourg et Zurich. Il a été membre de l'Ensemble Vocal de Lausanne (dir. Michel Corboz), du choeur de la Radio Romande (dir. André Charlet) et du choeur de Chambre de Stuttgart (dir. Frieder Bernius). Il a dirigé durant cinq ans le Basler Kammerchor pour Paul Sacher et durant dix ans le choeur Da Camera de Neuchâtel. De 1987 a 1997, il a travaillé comme codirecteur au côté d'André Charlet avec le Choeur de Chambre Romand.

Pascal Mayer a fondé le Choeur de l'Université et des Jeunesses Musicales de Fribourg ainsi que le Choeur de Chambre de l'Université de Fribourg. En 1995, avec le chef de choeur valaisan Hansruedi Kämpfen, Pascal Mayer a constitué, dans le cadre de Fédération Suisse Europa Cantat, le Choeur Suisse des Jeunes.

Il dirige également à Lausanne le Choeur Pro Arte et le Choeur Faller, ensembles avec lesquels il aborde le répertoire de l'oratorio. Il enseigne la musique au Collège Ste-Croix de Fribourg, dont il anime le choeur.

Depuis 1996 il prépare les choeurs pour le Festival d'Opéra d'Avenches. Pascal Mayer a d'autre part une charge de cours de direction chorale à la Musikhochschule de Lucerne.

Enfin, Pascal Mayer dirige le choeur paroissial « La Concorde » dans son village à Grolley.